Debutó con Atlético Nacional en el año 2009 y sus actuaciones lo llevarían a ser convocado a la selección Colombia Sub-20.

Al término del año 2011 es desvinculado del Atlético Nacional.

Salió a préstamo por un año a Santa Fe Corporación Deportiva, equipo con el que conseguiría consagrarse campeón en el Apertura 2012.​

A principios del año 2013 es anunciado como nuevo jugador del Atlético Junior.

En el 2014 regresó a Atlético Nacional, equipo con el que debutó en el 2009. A su regreso tuvo sus dos mejores temporadas, ganando en dos ocasiones la Liga Postobón y participando en las máximas competiciones de América, como la Copa Libertadores y la Copa Sudamericana. Disputó la Copa Sudamericana 2014 llegando a la final, instancia donde perdería con River Plate, Cardona se convertiría en uno de los mejores jugadores de la Copa, siendo elegido mejor jugador joven del torneo e incluido en el Equipo Ideal de América ese año.

El 16 de diciembre de 2014 firmó un contrato para el Club de Fútbol Monterrey, donde llega con su compañero de equipo Alexander Mejía y su compañero de selección Yimmi Chará, y los esperan sus compatriotas Dorlan Pabón y Stefan Medina. El 21 de febrero al entrar de cambio hizo un golazo desde fuera del área al minuto de haber entrado en su partido de la Jornada 7 ante el Querétaro. El 7 de marzo del 2015 convierte su primer hat-trick ante el Toluca.

El 16 de agosto para el Apertura 2015 marca un doblete en la goleada 4 a 1 contra Dorados de Sinaloa, catalogados como unos golazos.​ Volvería a marcar otro doblete el 3 de octubre en la victoria 4-0 sobre Club León siendo dos golazos de tiro libre y media distancia, siendo la figura del partido además haciendo una asistencia.​

El 12 de febrero en la jornada 6 del Torneo Clausura 2016 en el encuentro ante Club Santos Laguna el apodado "Crackdona" por la afición de Monterrey marcó un gol de chilena denominado "mágico" por varios medios de comunicación. Éste sería el segundo tanto del partido, ya que el primero fue marcado por su compañero de nacionalidad colombiana Dorlan Pabón. El partido terminó 2-1 con la victoria de Rayados y se mantendrían como los "superlíderes" del torneo.

En la jornada 14 en el encuentro en casa de Club Tijuana le anota un gol de "sombrerito" al arquero Federico Vilar, nombrado como uno de los mejores de la jornada, y ayuda a su equipo a conservar el superliderato del torneo. El 8 de abril vuelve a marcar doblete en la goleada 4 a 1 sobre Jaguares de Chiapas donde sale como la figura del partido.

El 18 de julio de 2017 es cedido a préstamo a Boca Juniors por un año, con opción de seis meses más si el club accede a octavos de final de la Copa Libertadores 2018 y además tiene una opción de compra de 6 millones de dolares.⁷​ El 29 de julio de 2017 debutó contra Nacional en un amistoso de pretemporada, haciendo un gran partido y convirtiendo gol. El partido terminaría empatado 1-1. El 5 de agosto de 2017, Boca empató 2-2 con Colón de Santa Fe en otro amistoso, una de las figuras del equipo 'xeneize' fue el '10' quien dio la asistencia del primer gol y marcó el segundo. El 8 de agosto anotó un golazo al minuto 90+5 en el amistoso ante Banfield.

El 14 de agosto debuta de manera oficial marcando un gol y dando una asistencia en la goleada 5 por 0 sobre Club de Gimnasia y Tiro por los treintaidosavos de final de la Copa Argentina 2016-17 saliendo como una de las figuras del partido.